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Mutazione germinale e somatica di BRCA in campioni tumorali ovarici inclusi in paraffina mediante next-generation sequencing

La valutazione dello stato mutazionale di BRCA nelle pazienti con carcinoma ovarico ha un ruolo fondamentale, non solo per l’identificazione della predisposizione familiare al cancro, ma anche per indirizzare le scelte terapeutiche. Il test germinale BRCA è diffuso nei laboratori genetici ma questo approccio esclude le pazienti con mutazioni somatiche di BRCA (quelle presenti solo nelle cellule cancerogene) all’opportunità di usufruire delle terapie con PARPi (inibitori dell’enzima Poli(ADP-Ribosio)Polimerasi).
Un recente studio ha evidenziato la necessità di un metodo efficace e tempestivo per rilevare le mutazioni somatiche e germinali utilizzando campioni di tessuto fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE) e una tecnologia commercialmente disponibile.
Testare il gene BRCA in campioni FFPE permetterebbe infatti la valutazione simultanea delle mutazioni sia somatiche sia germinali utilizzando un materiale routinariamente accessibile e disponibile in qualunque laboratorio nel mondo.
Rispetto al metodo di Sanger, le tecnologie di next-generation sequencing (NGS) consentono molteplici test veloci su piccole quantità di DNA con crescenti applicazioni a livello diagnostico, migliorando sia il troughput sia il profilo costo-efficacia dell’analisi mutazionale.

Per valutare la fattibilità di impiego di queste tecnologie nell’attività diagnostica di routine per l’analisi di BRCA, lo studio ha analizzato le mutazioni di BRCA1 e BRCA2 in 47 pazienti con tumore ovarico sieroso di alto grado utilizzando un kit disponibile in commercio e la tecnologia NGS su tessuti FFPE.

I risultati dello studio hanno evidenziato mutazioni patogenetiche nei geni BRCA in 13 dei 47 (28%) tumori ovarici esaminati; 8 nel BRCA1 e 5 nel BRCA2. Lo studio ha dimostrato inoltre che la sensibilità del panel NGS era pari al 99,1%.
È da tenere in considerazione che l’analisi di BRCA su tessuto è complessa a causa:

  • del tipo delle possibili mutazioni in questi geni;
  • del fatto che queste mutazioni possono essere trovate in qualsiasi regione di questi geni, che sono molto ampi e richiedono l’intero sequenziamento del gene;
  • delle limitate quantità e qualità del DNA disponibile per il test su campioni FFPE.

È inoltre importante essere in grado di sequenziare gli interi geni BRCA utilizzando piccoli quantitativi di DNA per identificare le mutazioni patogenetiche rilevanti ai fini del trattamento del paziente.

Lo studio conclude indicando che l’utilizzo della tecnologia NGS associata ad un kit commerciale risulta efficace per rilevare le mutazioni germinali e somatiche nei geni BRCA utilizzando tessuti FFPE.

 

BIBLIOGRAFIA:

Mafficini et al. BRCA somatic and germline mutation detection in paraffin embedded ovarian cancers by next-generation sequencing. Oncotarget. 2016;7(2):1076-83

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